宠物检疫证一般在当地的动物卫生监督所办理。
办理注意事项:
1. 宠物检疫证有效期为3~5天，所以最好在托运前一天办理。办理前宠物需要免疫完全，并且办理时间与疫苗完成注射时间要间隔21天以上。同时办理时需要携带免疫证去办理检疫合格证明，如果是托运的狗狗，还要带好狗证进行办理。
2. 办理检疫证的时候，需要由宠主提供航班号或者列车车次，所以最好要先买好票，并且提前和工作人员沟通，明确这趟班次是允许带宠物的。
3. 如果找不到动物检疫站，可以到当地的宠物医院进行咨询，有部分宠物医院是可以进行代办的，甚至还能直接进行办理，还能给宠物做个体检，并开好免疫证明。
4. 办宠物检疫合格证明需要的材料有①申请人填写的《动物防疫合格证明申请表。
②法人代表证明或业主身份证复印件。
③从业人员的资格证书复印件，防治人员畜牧兽医专业毕业证或结业证原件和复印件每人1份，身份证原件及复印每人1份。
法律依据:《中华人民共和国动物防疫法》第四十一条 动物卫生监督机构依照本法和国务院兽医主管部门的规定对动物、动物产品实施检疫。
动物卫生监督机构的官方兽医具体实施动物、动物产品检疫。
第四十四条规定“经铁路、公路、水路、航空运输动物和动物产品的，托运人托运时应当提供检疫证明；没有检疫证明的，承运人不得承运。”按照检疫规程，开具《动物检疫合格证明》的，须由宠物狗主人凭农业部规定的犬只相关疫病实验室检测报告，提出检疫申报，填写《检疫申报单》，动物卫生监督机构现场检疫合格的，给予出具《动物检疫合格证明》。宠物狗主人凭《动物检疫合格证明》进行托运。
《中国民用航空总局国内货物运输规则》 十四条
（一）发货人托运动物，应经民航同意，必要时并应附有检疫证明。
（二）动物的容器，要适合动物特性和空运的要求。容器应能防止动物破坏、逃窜和接触外界，容器底部要有防止粪便外溢的设施。
（三）在容器上应标明照料、搬运该动物的注意事项。
（四）发货人和收货人应在机场交运和提取动物。 动物在运送前到达后， 由发、收货人保管。
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